時は平安。人に仇なす妖魔が跋扈するこの時代に、これらを倒す人々がいた――

京に出てきた少年・今丸は破落戸から斡旋された盗みの仕事を受け、貴族の屋敷に忍び込む。
そこにあったのは一本の錫杖で、不思議と惹かれた今丸が手に持つと――神が顕現した！サッタと名乗る神曰く、顕現できたのは今丸の力によるもので、そういった能力者を〝神憑師〟と言うらしい。
今丸とサッタは神憑師が集まって活動するという〝八咫烏寮〟に入ることになり、神の力を以って妖魔を倒していくことになるのだが、京都は今丸の想像を超える魑魅魍魎ばかりで――